«Тайная жизнь» основана на реальных событиях. В центре сюжета австриец Франц Егерштеттер. Он и его семья живут в деревне и не знают никаких бед, целыми днями занимаясь сельским хозяйством. Однако наступает Вторая мировая война, и Францу приходится вступить в ряды нацистской армии, хотя он и не понимает их идеологию. Во время второй мобилизации он отказывается служить идеям Гитлера и не принимает военную присягу. Суду ничего не остается, кроме как приговорить Егерштеттера к смертной казни.
Несмотря на очевидный исторический сюжет, у Терренса Малика нет времени показывать военные действия на экране, хотя его фильм идет почти 3 часа. Война у него вторична, его больше интересует человек в этом конфликте, и как болеет его душа. Егерштеттер был причислен к лику святых благодаря своему поступку – он стал символом австрийского протеста против Гитлера. Но Малика не интересует даже слово «сопротивление», потому что ему важны отношения между человеком и Богом в такое сложное и критическое время.
Режиссер не выбирает какую-то четкую композицию собственной истории, поэтому его колеблющееся и постоянно изменяющееся повествование тождественно неуверенности и сомнениям самого Франца Егерштеттера. Однако сама история как бы делится на две главы: в одной показаны гармония и счастье, а вторая наполнена чередой вопросов, на которые невозможно найти ответы. Франц со своей женой ведут тихую мирную жизнь в Санкт-Радегунде, окруженные холмами, полями, чистой водой – девственной природой, еще не искаженной войной. Так и вся семья Егерштеттера, желая сохранить эту «невинность» родных мест и гармонию собственных отношений, пытается отстраниться от того ужаса войны, который поглотил так много стран.
Терренс Малик старается создать похожую атмосферу для зрителей, когда они следят только за эмоциями и чувствами главных персонажей, не думая о войне, тенью следующей за ними. Любовь, природа и свобода становятся лейтмотивами всей истории. Малик преследует пантеистические идеи, одушевляя природу и доказывая, что в его представлении является мирным временем. Однако все это вскоре сменяется реальностью, где даже законы Бога не способны ни на что повлиять.
«Я свободен» - отвечает Франц, будучи в заточении, собственному адвокату. Главный герой не считает невозможность выйти из четырех стен ущемлением его собственной воли и независимости. Франц разрешает свою внутреннюю дилемму благодаря духовным, природным и моральным идеям. Потому что полная независимость находится не в обозначении физических границ, а в свободе выбора. Режиссер детально раскрывает синонимизм этого слова. «Выбор» в некоторых словарях тождественен «религии», поэтому Франц и чувствует себя свободным.
Несмотря на исторический контекст, герои «Тайной жизни» являются простыми персонажами. Однако именно это и волнует Малика, потому что история создаётся не благодаря громким задокументированным событиям, а как раз при помощи таких вот тайных «святых».